Zgodnie z Państwowym Monitoringiem Środowiska, aż cztery spośród najczystszych rzek w Polsce znajdują się na Pomorzu. Rzeka Łeba, płynąca na odcinku od Pogorzelicy do jeziora Łebsko, otrzymała szczególnie wysoką ocenę. Łeba, której długość wynosi 117 km, przepływa przez wiele malowniczych jezior i jest otoczona morenowymi wałami. Popularna wśród kajakarzy, przepływa przez Słowiński Park Narodowy, znany z ruchomych wydm, a jej źródło znajduje się w miejscowości Borzestowo, niedaleko Kartuz.
Wieprza to kolejna z najczystszych rzek w Polsce. Charakteryzuje się dzikością i malowniczością. Zaczyna swój bieg od jeziora Kołoleż i ciągnie przez 140 km do Darłówka. Na górnym odcinku jest najczystsza i najbardziej piękna. Aż 95 km tej rzeki nadaje się do organizacji spływów kajakowych, a od ujścia Doszenicy w dół rzeka znajduje się na terenie obszaru Natura 2000.
Szczyra, płynąca z jeziora Rychnowskiego do Gwdy o łącznej długości wynoszącej 40 km, również może pochwalić się czystością wód. Nad jej brzegami często obserwuje się bobry, a wędkarze mają tu okazję złowić pstrągi potokowe i szczupaki. Spływy kajakowe są możliwe tylko na dolnym odcinku.
Niezastąpionym celem dla miłośników kajaków jest Wda, która przez swoje 198 km biegu wijąc się meandrami. Aż 30% jej długości przebiega przez obszary ochrony przyrody, głównie Wdzydzki Park Krajobrazowy. Woda ma ciemniejszy kolor (stąd alternatywna nazwa „Czarna Woda”) ze względu na zabagnione brzegi i substancje mineralne. Rzeka ma nizinny charakter i jest stosunkowo spokojna, chociaż miejscami nurty są wartkie.
Warto również wspomnieć o Brdzie, mierzącej aż 238 km, większość której biegu to I i II klasa czystości. Rzeka rozpoczyna swój bieg od jeziora Smołowego, kończąc go w Wiśle. Przecina wiele jezior, zalesionych brzegów i zbiorników zaporowych. Jest uważana za jeden z najpiękniejszych szlaków kajakowych, a jej wody są zamieszkane m.in. przez karasie, leszcze, liny, sandacze i szczupaki.